În repertoriul ansamblului se regăsesc dansuri populare din Transilvania, Moldova, Oltenia, Muntenia, Banat, Dobrogea, dansuri din patrimoniul muzical-coregrafic european, toate prezentate în costume caracteristice. Specificul dansului popular românesc este promovat de Junii Sibiului prin căluș și jocurile feciorești, intrate în Patrimoniul Imaterial UNESCO, prin jocurile de cizmă din Ardeal, bătutele moldovenești, jocurile bănățene de doi, duioasele hore oltenești și aprigul «trei păzește». La acestea se adaugă suite coregrafice din patrimoniul universal: dans popular german, maghiar, bulgăresc, țigănesc, sârbesc, italian, mexican și ucrainean.
Ansamblul valorifică deopotrivă obiceiuri legate de viața omului (Botezul, Prinsul verilor și văruțelor, Intrarea fetei în horă, Șezătoarea, Nunta - cu Tocmeala, Purtatul steagului, Cântecul miresei și Împodobitul miresei, Primirea nurorii, Strigatul găinii), obiceiuri legate de muncile agricole și casnice (Tânjaua, Govia, Cununa, Buzduganul, Înălbitul pânzelor, Drăgaica, Nedeea pastorală, Culesul viilor) și obiceiuri legate de sărbătorile de peste an (Baba Dochia, Focul viu, Lăzărelul, Lioara, Sânziene, Călușul, Obiceiuri de Crăciun, Ursul, Capra, Căiuţii, Obiceiul cetei junilor).
Fluierul de Mărginime, imaginea feciorului care joacă simultan cinci fete, „bituşca” ciobănească, pălăriile bogat ornamentate de Avrig, coiful de fată şi vălitorile de pe Valea Hârtibaciului, şirurile neobosite de 20 de piruete sau ponturile fecioreşti concură la crearea momentelor muzical-coregrafice, completate de proiecţii video şi efecte tehnice moderne.
Piese vocale și piese instrumentale de virtuozitate întregesc programul Ansamblului. Repertoriul soliștilor Ansamblului este sugestiv pentru specificul muzical al zonei Sibiului, dar acoperă și melodii specifice etniilor conlocuitoare. Colaborările cu interpreți reprezentativi din marile zone etnografice conturează bogăția folclorului muzical de pe întreg cuprinsul țării. Rapsodia română nr. 1 și Rapsodia română nr. 2, de George Enescu, solo-urile la nai, vioară și taragot și piese instrumentale sunt interpretate cu măiestrie de orchestra Ansamblului.
Diversificarea repertoriului reprezintă o preocupare constantă în cadrul ansamblului, artiștii prezentând, în premieră, suite muzical-coregrafice noi, ce valorifică muzica de petrecere, valsul, muzica pop şi stilul Rock and Roll, în concepte artistice dinamice ce îmbină tradiționalul cu stilul modern.
Segmente speciale în cadrul repertoriului sunt reprezentate de spectacolele tematice: „Pe firul nesfârşit al vieţii” –2009, „Călătorie în ritm de vers, de cânt şi jocuri” – 2010, „De dragoste şi de dor”- 2011, „La Sibiu, în Piața Mare, târg de n-are asemănare” – 2012, „Dragostea și dorul” - 2023, spectacolele de teatru muzical coregrafic „La Hanul lui Ghiță” – 2013, „Șapte frați pentru șapte mirese” – 2015, „La Crâșma din Dealu` Mare” – 2021 și producțiile inedite „La Sibiu, de Dragobete”, „Darul Junilor, de Ziua Femeilor” -2021, ”Romanian Journey-Living Traditions”, „Loredana & Junii Sibiului”, „Tineri și populari”, „Junii Sibiului – povestea dansului popular românesc”- 2022, „De Dragobete, Iubește Românește cu Junii Sibiului!”, „Paul Surugiu – Fuego, Junii Sibiului și invitații lor”, „Tinerețe”, „Miracolul tradițiilor românești”, Junii Sibiului și invitații lor” –Sala Palatului-2023.